Trepanacija lobanja je najstarija hirurška intervencija na glavi čoveka koja je ostavila materijalne dokaze u vidu tragova na lobanjama i instrumenata. Najstarije trepanacije su vršene u Evropi pre oko 10 000 godina i potiču iz Francuske, a praktikovane su i na drugim kontinentima. Trepanaciju prvi spominje Hipokrat.
Pod ovim terminom podrazumeva se skidanje koštanog pokrivača moždanog dela lobanje. To se radi da bi se prišlo spoljnoj moždanoj opni. Postoje dva razloga za intervenciju. Jedan se vršio ukoliko bi došlo do povređivanja glave prilikom borbe ili neke nezgode. Oni bi pobređeni deo uklonili i time bi se u slučaju hematoma oslobodio pritisak koji mozak vrši na lobanju. Drugi je iz verovanja da progresivne glavobolje i mentalne bolesti izazivaju zli duhovi koji obitavaju u lobanji i otvaranjem tih rupa oni bi puštali te duhove napolje iz glave.
Vršene su kamenim, a kasnije i metalnim instrumentom, i to na tri načina. Prvi način se sastojao u tome da su imali jednu vrstu kružne (cevaste) testere koja bi se vrtela oko svoje ose i nazubljenim krajem pravila rez kružnog oblika. Ta testera je u svom centru, na nazubljenoj strani imala jedan šiljati deo koji bi malo štrčao. Njegova funkcija je bila da se zabode u lobanju i drzao testeru da ne sklizne sa željene putanje. Potom bi se testera okretala oko svoje ose ručno ili pomoću nekih naprava koje su pokretale testeru. Drugi način podrazumevao je sečenje sečivom ili specijalnim noževima. Oni bi lobanju usecali po šablonu koji je identičan onome u igri Iks i oks. Deo koji je u centru bi se vadio napolje, dok bi se primenom trećeg načina pravio niz malih rupica koje bi bile blizu jedna drugoj. Posle bi te rupice isecali po principu spoj tačkice i tako dobijali isečak.
Lobanja sa dve trepanacije izvršene testerom
Primer trepanacije pomoću sečiva
Trepanacija izvršena pomoću niza manjih rupa
Bušilica za trepanaciju
Nož za trepanaciju
Na tlu Srbije najstarije trepanacije se sreću na mokrinskoj nekropoli, i tom prilikom je nađeno 9 lobanja sa trepanacionim otvorima. Procenat preživljavanja je bio različit jer imamo nekoliko lobanja čiji vlasnici nisu preživeli. S druge strane, jedna starica iz Mokrina je imala 3 trepanaciona otvora na svojoj lobanji. Oni su rađeni u različitim periodima njenog života što znači da je preživela najmanje dve.
Instrumenti za trepanaciju nisu nađeni u Mokrinskoj nekropoli što ukazuje na to da su izvođači trepanacije bili putujući i da su svoja znanja primenjivali krećući se od naselja do naselja. Sam značaj pronalaska lobanja sa tragovima trepanacije značajno je zbog saznanja o poznavanju ljudskog tela i medicine u ta pradavna vremena.
Najsigurniji metod da se utvrdi da li je neka osoba preživela zahvat je posmatranje samog reza. Ukoliko je on počeo da zarasta to je siguran znak da je osoba preživela. U slučaju smrti, tokom ili neposredno posle zahvata, na lobanji ne bi bilo tragova zarastanja. Prilikom utvrđivanja ove pojave moramo biti veoma obazrivi, jer postoje razna oboljenja koja dovode do gubljenja koštane mase (na primer sifilis) i kao posledicu ostavljaju rupe slične onima na trepaniranim lobanjama.
Na jednoj lobanji iz neolita koja je pronađena u Nemačkoj, trepanacijom je bio uklonjen ceo krov lobanje, tako da je mozak bio skroz otkriven, i to je najradikalniji zahvat ove vrste koji je do sada pronađen.
Sima Trojanović (1862-1935), prvi srpski školovani etnograf i antropolog, je iza sebe ostavio, između ostalog, i dva rada iz antropologije na temu trepanacije koji su objavljeni 1900 i 1922 godine. Prvi rad, koji je objavljen u Minhenu, opisuje sam proces trepanacije kojem je autor lično prisustvovao. Naime, procedura se sastojala u sledećem: trepanaciju nisu obavljali nad decom i starijim osobama, a ceo proces se odvijao na otvorenom prostoru. Kada bi ih postavili u stolicu dali bi im anesteziju u vidu rakije. Doza za muškarce je bila 1l a za žene litra. Pošto bi "anestezija" počela da deluje pacijenta bi dve osobe držale da se ne pomera. Jedan bi došao iza stolice, svojim rukama bi obuhvatio pacijenta oko ruku i grudi dok bi svoje noge obmotao oko pacijentovih. Drugi čovek je bio zadužen za držanje glave dok je doktor obavljao zahvat. Trepanacioni otvor bi se zatvarao tikvom, jer se verovalo da ona ima antibiotičko dejstvo. Jedini uslov posle zahvata je bila zabrana jedenja svinjskog mesa. Posle 4-6 nedelja pacijent se vraća normalnim aktivnostima. Ukoliko je trepanacija bila privremenog karaktera, parče lobanje koje bi izvadili bi čuvali tako što bi pacijentu napravili mali rez na dnu stomaka (otprilike u nivou slepog creva) i deo lobanje bi ušili ispod kože na stomaku kako se ne bi zagadio dok se ne stvore uslovi da se taj deo vrati na svoje mesto.
Trepanacija kao hirurški zahvat se još uvek praktikuje.